ระบบขับถ่ายของสัตว์มีกระดูกสันหลังจะต่างจากสัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง ดังนี้
1. สัตว์กระดูกสันหลัง ทั้งสัตว์บกและสัตว์น้ำจะมีไต (kidney) เป็นอวัยวะกำจัดของเสีย ซึ่งจะทำหน้าที่ทั้งกำจัดของเสีย และรักษาสมดุลของน้ำและแร่ธาตุ โดยทำหน้าที่ร่วมกับระบบหมุนเวียนเลือด ปลาที่อยู่ในน้ำที่มีความเข้มข้น ของแร่ธาตุต่างกันจะมีความเข้มข้น ของปัสสาวะต่างกัน เช่น ปลาน้ำจืด ปัสสาวะจะมีความเข้มข้นน้อย และปัสสาวะบ่อยครั้ง แต่ปลาน้ำเค็ม จะมีปัสสาวะที่มีความเข้มข้นมาก และปัสสาวะน้อยครั้ง
2. สัตว์ไม่มีกระดูกสันหลัง สัตว์บางชนิดไม่มีอวัยวะในการขับถ่ายของเสีย บางชนิดก็มีอวัยวะขับถ่ายของเสีย เช่น
2.1 สัตว์ประเภทฟองน้ำ ไฮดรา แมงกะพุรน ไม่มีอวัยวะขับถ่ายของเสีย จะแพร่ออกทางเยื่อหุ้มเซลล์ที่เป็นส่วนประกอบของลำตัว
2.2 หนอนตัวแบน เช่น พลานาเรีย มีอวัยวะขับถ่าย คือ เฟลมเซลล์ (flame cell) กำจัดของเสียออกทางท่อขับถ่ายทางผิวหนังที่อยู่ 2 ข้างลำตัว
2.3 หนอนตัวกลม เช่น ไส้เดือนดิน มีอวัยวะขับถ่าย คือ เนฟริเดียม (nephridium) อยู่ตามปล้องปล้องละ 1 คู่ ขับของเสียออกทางช่องเปิดของผิวหนัง
2.4 แมลง มีอวัยวะขับถ่าย คือ ท่อมัลพิเกียน (malphigian tube) ซึ่งมีลักษณะเป็นถุงยื่น ออกมาจากทางเดินอาหาร ส่วนกลางและส่วนท้าย ของเสียเข้าสู่ท่อมัลพิเกียนแล้วขับออกทางทวารหนัก