การย่อยอาหาร (Digestion) คือกระบวนการที่ทำให้โมเลกุลของอาหารมีขนาดเล็กลง จนสามารถดูดซึมเข้าเซลล์นำไปใช้ประโยชน์ได้ ทั้งนี้ เพราะว่ารูของเยื่อหุ้มเซลล์ยอมให้สารที่มีอนุภาคที่มีขนาดเล็กกว่ารูเท่านั้น ผ่านได้จึงต้องให้สารอาหารที่ได้มาจากการกินอาหารผ่านการย่อยอาหารซึ่งเกิดขึ้นภายในทางเดินอาหารเสียก่อนจึงจะดูดซึมเข้าไป
ระบบย่อยอาหารมี 2 ระบบ
- การย่อยเชิงกล (Mechanical digestion) เป็นการเปลี่ยนแปลงขนาดของอนุภาคของสารอาหารเล็กลงโดยการบดเคี้ยวของฟัน การทำให้ไขมันแตกตัวโดยน้ำดี การบีบตัวของทางเดินอาหาร
- การย่อยทางเคมี (Chemical digestion) เป็นการเปลี่ยนแปลงขนาดของอนุภาคของสารอาหารเล็กลงโดยอาศัยเอนไซม์เป็นน้ำย่อย